Seler jest wrażliwy na niedobór wilgoci w glebie. Okres wegetacji rośliny wynosi 170-190 dni. Głębokość głównej masy korzeniowej sięga 40 cm w głąb gleby i posiada średnią zdolność pobierania wody z głębszych jej warstw. Współczynnik transpiracji dla selera to 300-400.
Zapotrzebowanie na wodę w okresie wegetacji to ok. 400-500 mm. Największe zapotrzebowanie na wodę występuje od połowy lipca do połowy września - w okresie szybkiego przyrostu masy korzeniowej, gdzie dobowe zużycie wody dochodzi nawet do 6 mm.
Do nawadniania selera można stosować system deszczowniany lub kroplowy.
Nawadnianie należy rozpocząć zaraz po wysadzeniu na pole małą dawką wody ok. 10 mm. Ze względu na duże wymagania wodne selera nawadnianie prowadzi się przez cały okres wegetacji rozpoczynając przy 75-90% PPW. W przypadku pomiarów potencjały wodnego gleb podlewanie rozpoczyna się kiedy jego wartość osiągnie -30, -40 kPa na glebach lekkich i -40, -50 kPa na glebach ciężkich. Nawadnianie należy zakończyć 2-3 tygodnie przed zbiorem.